Günümüzdeki Ayasofya, İmparator Justinianos (527-565), dönemin iki önemli mimarı olan Miletos’lu (Milet) İsidoros ile Tralles’li (Aydın) Anthemios’a yaptırmıştır.
İmparatorların taç giyme merasimini gerçekleştirdiği Ayasofya, IV. Haçlı Seferi sırasında İstanbul'a gelen Latinler tarafından yağmalanmıştır.